经调查，江西南城洪门湖国家湿地公园有湿地维管植物71科、167属、218种，其中蕨类植物6科、6属、6种；裸子植物2科、3属、4种；被子植物63科、158属、208种（双子叶植物51科、111属、151种，单子叶植物12科、47属、57种）。以菊科（Compositae）、蓼科（Polygonaceae）禾本科（Gramineae）、莎草科（Cyperaceae）等为优势科。

湿地公园内发现野生脊椎动物212种，隶属于27目70科。其中，鱼类有7目16科52种；两栖动物有1目6科20种；爬行动物有3目10科33种；鸟类有9目25科75种；7目13科32种。鱼类种数占江西省的25.7%，两栖类种数占江西省的51.3%，爬行类种数占江西省的43.4%，鸟类种数占江西省17.4%。